在精酿啤酒设备酿造过程中，免不了异类微生物的侵害，这些微生物的生长、繁殖，利用麦汁（非常好的培养基）或啤酒中的营养成分，导致后续生产困难或出现异常，使成品啤酒出现沉淀、混浊、甚至其代谢产物导致啤酒风味、口味异变。

糖化阶段

易染菌种类：适热乳酸杆菌 

说明：糖化初，醪液温度≤50℃时易染,但对降低醪液pH有利；50°C以上，乳酸杆菌不易生长。

易染菌种类：大肠菌群、野生酵母、乳酸杆菌、微球菌、枯草杆菌、霉菌、放线菌、变性黄杆菌等

说明：

 ①40°C仍可生长，应防止不洁的水混入麦汁中，7h内可繁殖几百万倍;

 ②常潜伏在缝隙、螺纹、垫料上，麦汁流经带入，也有重复使用的种酵母中带入的。

 ③种酵母污染，能与酵母竞争繁殖，发酵完毕前停止生长。

 ④醋酸杆菌、乳酸杆菌在麦汁中污染，生长较慢。

薄板系统死角或卫生不良、杀菌不彻底；无菌风系统感染

发酵阶段

易染菌种类：乳杆菌、醋酸杆菌、野生酵母、足球菌、变性黄杆菌。

说明：常见系统卫生刷洗、杀菌不彻底；酵母接种过程等；

种酵母污染，在发酵时大量生长繁殖，开口发酵有利醋酸菌生长，密闭发酵有利乳酸菌生长。

易染菌种类：醋酸杆菌、乳酸杆菌、发酵单胞菌、大肠菌群

说明：发酵罐清洗杀菌不彻底；下酒时贮酒罐、清酒罐及滤酒系统杀菌不彻底；

    ①下酒或酒液上部存在空气时繁殖快

    ②在厌氧下生长

    ③厌氧下发展很快，较少发现

易染菌种类：醋酸杆菌、乳杆菌、足球菌、发酵单孢菌、大肠菌群、霉菌

说明：供包装输酒系统、灌装机酒缸、空瓶、空桶等，在包装过程重污染。 

  并不是所有进入啤酒酿造过程的微生物都是啤酒的有害菌，按其对啤酒的危害情况，可将这些微生物分为两大类

无害共生菌

无害共生菌是指霉菌孢子和许多好氧性细菌，它们不能在啤酒中生长，甚至啤酒的特殊环境会使它们窒息；但是若有这些微生物存在，则也说明可能同时会存在有害微生物。

所谓无害于啤酒(相对)的微生物——是指不能在啤酒酿造中繁殖，如一些好样的孢子杆菌不引起啤酒变味混浊的小球菌和微球菌

有害菌

有害菌是指人类致病菌（如大肠菌群），或在特定条件下生长、繁殖的而引起啤酒生产过程不正常，或使啤酒酸败、变味、粘稠、沉淀、混浊的这类微生物；   

属于有害菌的种属有：野生酵母、乳酸杆菌属、链球菌属、果胶杆菌、巨型球菌属、肠道细菌属等…