深床式多层次过滤系统主要由两部分组成，即过滤机和过滤垫。过滤机是由垂直不锈钢机身、顶盘和底盘、过滤元件和压缩系统组成的封闭系统。过滤垫是以层叠方式加放在垂直的不锈钢机身内，如果需要提高啤酒的过滤能力，只需增加过滤垫的数量即可。
    此过滤系统的核心是由纤维素和硅藻土制成的独特的过滤垫。啤酒在过滤时，其中的颗粒被过滤垫的深层效应所截留，达到除菌的目的，且过滤垫的表面不易被堵塞。每个过滤垫的厚度为24mm，过滤面积为0.25㎡。此外，可根据需要选择不同型号的过滤垫，达到啤酒精滤或无菌过滤的目的。过滤垫的使用周期为：精滤平均150~200h；无菌过滤平均130~150h。一般过滤流量为20t/h。
    深床式多层次过滤系统的优点：过滤垫属深层过滤，表面不易堵塞；所占面积较小；由于采用压力振动安全保障，可安装于灌装线前而不用缓冲罐；CO2可完全通过此系统；氧气吸入量较低；过滤垫可碱性回收重复利用；过滤垫废弃后无须担心环保问题。
啤酒过滤的方法有棉饼过滤、硅藻土过滤、微孔薄膜过滤等。其中棉饼过滤法是最古老的过滤方法，已被淘汰，目前使用最普遍的是硅藻土过滤法。